Podle Darwina se duch vyvinul z hmoty těla, tedy, že člověk vznik z primátů. Duch, tedy myšlenka však není produktem mozku. Mozek je pouze nástroj, hardware, který zpracování podněty, včetně myšlenek, pro účely těla, nic víc. Hmota nikdy nemůže vyprodukovat myšlenku. Jako umělá inteligence se může rozhodovat, dokonale simulovat a předstírat život, ale nikdy nemůže vyprodukovat ducha. Mozek, byť je to geniální nástroj, je bez ducha, který ho používá, jen mrtvá hmota. Darwinova ateistická teorie předpokládala, že žádný duch neexistuje, pouze hmota, která myslí a vytváří sama sebe a náhodou. Darwin však objevil pravdu jen z části. Zaprvé tím, že zavrhl stvoření člověka, jako věčné, duchovní bytosti, jako bytosti, která má nesmrtelného ducha, který se nevyvíjí z hmoty a je na ní nezávislý (byl by to podobný případ, jako kdyby zákon v parlamentu vznikl sám od sebe, nikoli v hlavách poslanců).